ในสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ราชกาลที่ 1 เมืองจะนะยังคงตั้งอยู่ที่บ้านท่าใหญ่ โดยมีนายเณรหรืออินทร์น้องชายพระยาพัทลุง(ขุน) พระอนันต์สมบัติ(บุญเฮี้ยว ณ สงขลา) พระมหานุภาพปราบคราม(ทิดเพชร)และพระมหานุภาพปราบสงคราม(เค่ง)เป็นเจ้าเมืองจะนะแล้วระยะหนึ่งจึงได้ย้ายเมืองจะนะไปตั้งใหม่ที่ปลักจะนะ ต่อมาเมืองจะนะที่ปลักจะนะ ถูกเผาทำลายเมื่อคราวสงครามสยาม-ไทรบุรีใน พ.ศ.2381พระมหานุภาพปราบสงคราม (บัวแก้ว) จึงฟื้นฟูขึ้นมาใหม่โดยตั้งอยู่ที่ ตำบลคลองเปี๊ยะ (บริเวณบ้านในเมือง) และต่อมาได้ย้ายเมืองอีกครั้งมาตั้งที่ตำบลจะโหนง (บริเวณบ้านในวัง)จนถึงพ.ศ.2422 หลวงพิทักษ์สงคราม (ปลอด ถิ่นจะนะ) ปลัดเมืองจะนะได้รับความกรุณาโปรดเกล้าฯแต่งตั้งเป็นเจ้าเมืองจะนะรับพระราชทานราชทินนามตามอย่างเจ้าเมืองจะนะคนก่อนที่ “พระมหานุภาพปราบสงคราม ”และได้ว่าราชการอยู่ที่บ้านจะโหนงไปจนถึง พ.ศ.2439 ซึ่งปีนั้นมีการปรับปรุงรูปแบบการปกครองแบบมณฑลเทศาภิบาล จึงมีการปรับปรุงเปลี่ยนฐานะของเมืองจะนะจากเมืองขึ้นของ เมืองสงขลามาเป็นส่วนหนึ่งของเมืองสงขลาการปกครองจะนะในระบอบเจ้าเมืองจึงสิ้นสุดลง